以肛周病变为首发临床表现的克罗恩病诊断可能较为困难，甚至易被忽略。如同时出现多种肛周病变，如非正中线部位的肛裂、溃疡空洞、肛管狭窄等，临床上应考虑克罗恩病。下表对比了CD肛周病变与非CD相关肛周病变的区别。
表CD肛周病变与非CD相关肛周病变的比较
CD相关肛周病变
非CD相关肛周病变
瘘管内口
齿状线以上
位于齿状线
瘘管外口
距肛缘3cm；可多个
距肛缘3cm；常为单个
瘘管
较宽大
较细
其他肛周病变
常见皮赘、非中线肛裂
无
脓肿或瘘管复发部位
与原病灶不一致
常在原位复发
伴随胃肠道症状
有
无
肛周疼痛
常见
少见（脓肿除外）
CD肛周病变与非CD相关肛周病变的最大区别是：手术切口难以愈合！因此避免使用切割挂线（紧的），应使用引流挂线（松的）！
克罗恩病肛瘘的治疗策略1.外科治疗肛周CD病变进展较慢，常无症状，部分可自愈，治疗效果不佳常常是因为未使用最佳的药物治疗方案。
“早在年Alxandr-Williams就指出：肛周克罗恩病病人失禁的主要原因多数由于手术过于积极，而非病变本身。”
随着医学发展，生物制剂以及免疫调节剂的使用改变了肛周CD的治疗策略。对于大多数的肛周病变，局部治疗可以改善症状，联合使用药物治疗（抗生素、免疫调节剂、生物制剂等）效果更佳。
肛周CD的治疗应遵循以下原则：
1）主张多学科综合治疗；
2）个体化治疗；
3）肠道CD活动需首先或同时控制肠道病变的活动；
4）肛周CD未引起临床症状或症状较轻时则无需处理，应予以随访观察；
5）外科手术应尽量保守；
6）无症状的瘘管无需治疗。
2.内科治疗药物治疗包括甲硝唑、环丙沙星、硫唑嘌呤（AZA）或6-巯基嘌呤（6-MP）。简单、表浅的肛瘘经瘘管切开以及抗生素治疗后即可痊愈。MTX可能也有一定价值。
长期生物制剂治疗如抗肿瘤坏死因子抗体可使一半以上病人瘘管完全静止。英夫利昔以及其他生物制剂如adalimumab、Crtolizumab在促进和维持瘘管闭合方面的作用已得到研究证明。其他免疫抑制剂如他克莫司、沙利度胺等均有应用。
肛周克罗恩病的手术方法CD肛瘘治疗的理想效果是使瘘管完全持续闭合，无脓肿形成，避免手术，生活质量改善。在实际临床情况下，大部分病人无法达到这个目标，但不断涌现的新药物越来越多的病人实现长期完全瘘管闭合。目前临床上以减少瘘管渗液、促进瘘管愈合、改善生活质量为主。手术治疗可能带来比疾病本身更大的伤害，应相对保守。
肛瘘是CD肛周病变中最难处理的。CD肛瘘可采用Parks分型（图），但临床上一般根据肛门检查（包括有无皮赘、肛裂、肛瘘、脓肿、狭窄、直肠阴道瘘、直肠炎症等）以及肛管MR分为简单性肛瘘与复杂性肛瘘。
肛瘘的Parks分型
低位肛瘘切开术低位肛瘘通过切开术可获得良好效果。但应尽量避免瘘管切除术，以免出现伤口迁延不愈。大部分不伴有直肠炎症的低位肛瘘经瘘管切开和或药物治疗即可治愈，应注意保护括约肌，部分切断即可能导致大便失禁。
复杂肛瘘挂线引流术完全根治复杂性瘘管几乎不可能。治疗的目的常常不是为了根治瘘管而是减轻症状。高位肛瘘应行挂线治疗，以保护括约肌的功能。
引流线可以无限期放置或直到瘘管内皮形成允许移除引流线为止。直肠炎合并高位复杂性肛瘘，则需要结合使用药物治疗、挂线引流、临时性造口或直肠切除。医院对该中心CD合并肛瘘病例进行回顾性分析，认为非切割性挂线术可以使CD合并的复杂性肛瘘获得长期充分的引流，可能是克罗恩病合并复杂性肛瘘的较佳手术方式。
直肠前移瓣修补术在瘘管得到充分引流后，且直肠炎症活动静止，可采用经肛门直肠前移瓣修补术以关闭肛瘘内口。对于高位复杂性肛瘘不合并直肠炎者，可行直肠前移黏膜瓣，三分之一可达到完全愈合。
预后
肛周脓肿和肛瘘的治疗是否成功很大程度上取决于直肠情况。如直肠没有炎症或者CD活动减轻，治愈机会较高。对于直肠内病变严重的复杂瘘、肛门失禁及肛门明显狭窄等，在药物治疗和局部处理失败后，应及时行直肠切除术或结直肠切除术、永久性结肠造口或小肠造口，以解除病人的痛苦，提高病人的生活质量。临时性造口并不能改善肛周克罗恩病病人的最终预后，仅有不到25%的病人能够还纳造口，大部分成功还纳造口的病人也需要再次行肛门部手术。
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