肛裂有周期性疼痛、便血、便秘三大临床症状。清楚认识这三大症状的起病原因及其特点，是我们鉴别肛裂和其他肛门疾病的重要依据。
1疼痛
疼痛是肛裂的主要症状，肛裂的疼痛有其特点，一般呈间歇性、周期性及与排便有密切关联性。典型的肛裂疼痛是：在刚刚有便意时，可感到肛门部不适或轻度疼痛，当粪便即将通过时，疼痛突然加重，呈撕裂状或针扎样疼痛，排便后数分钟到十余分钟内疼痛减轻或消失，称为疼痛间歇期，随后又因括约肌持续性痉挛而剧烈疼痛，持续时间可达数分钟、数十分钟、数小时不等。这种周期性疼痛的特点，是肛裂区别于其它肛门疾病的一个特征性表现。长期这样的疼痛往往会导致患者精神焦虑，排便有恐惧感，对生活和工作带来十分不便。
2便血
便血也是肛裂的最常见症状之一，当肛裂还处于相对表浅，还未能感觉到较明显疼痛时，便血可以是首发主要症状。肛裂的出血一般出血量小，颜色鲜红，或大便表面粘附着血丝，或仅能沾湿手纸表面，便血和疼痛通常都会同时出现。
3便秘
便秘既是肛裂的常见诱因，又是肛裂的常见伴随症状。由于肛裂患者因疼痛害怕大便，人为地减少排便次数，使粪便更干结、排出更困难，疼痛程度更重，导致恐惧性便秘；而另一方面，便秘则会增加发生肛裂的机率，加重肛裂的程度，它们之间往往存在着这样一种既矛盾又互为因果的恶性循环的关系。
另外，肛裂由于溃疡面的形成，分泌物的刺激，有的还会诱发肛门瘙痒、潮湿、异物感等不适症状。
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