肛瘘手术就是将瘘管完全豁开，把里面坏死的组织去掉，特别是作为感染源头的内口，它周围的感染和坏死组织一定要彻底清除，然后全部引流出来，之后新长出来的肉会将瘘管都填平，就达到了根治肛瘘的目的。
肛瘘分类
肛瘘手术的方法一般有这几种：
① 一次性切开根治术，是用手术刀把整个瘘管剖开，再把内口周围及瘘管里面的坏死组织彻底清除干净。
② 挂线手术，是用线替代手术刀，慢慢地把瘘管切割开，不断地收紧线，瘘管就不断地被割开。挂线的好处是肛门周围的肌肉一边被切开，一边就长好了，这样就不会一次性地切断太多的肛门括约肌（括约肌切断2/3手术后就会发生大便失禁），能很好的保护肛门的功能。
③ 胶管引流术，是将一根乳胶管放到位置比较高的瘘管里，有了这根乳胶管，每天换药冲洗时，就能将冲洗液冲到高位的瘘管里，让坏死的组织尽快流干净，新长的肉就能很快的将瘘管填充上。胶管引流术适合瘘管很深，坏死的组织引流不太通畅的情况，需要配合一次性切开手术或者挂线手术一起，达到根治的目的。
不同类型的肛瘘，采取不同的手术方法：低位单纯性肛瘘，主要采用一次性切开根治术，手术效果非常好。而低位复杂性肛瘘，瘘管较多，都切开可能会影响肛门的括约功能，所以手术时采取一次性切开根治术和挂线手术相结合的方式。高位单纯性肛瘘和高位复杂性肛瘘，如果治疗时采用一次性切开的方式，会把括约肌从上到下彻底切断，造成大便失禁，所以通常采用挂线手术和胶管引流相结合的方式，能比较好的保护肛门功能。
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